Områdets geografiske avgrensning er strekningen mellom Vetrlidsallmenningen , Lille Øvregaten, Nygaten og Allehelgens gate / Småstrandgaten.
På 1200-tallet startet utfylling og utbygging av Vågsbunnen. Bebyggelsen som vokste fram i området var preget av håndverk og boliger. Gjennom hele middelalderen foregikk en rik handels- og håndverksaktivitet. Området hadde et internasjonalt preg, der tyske håndverkere hadde enerett på all skoproduksjon. Skomakerne var i hele middelalderen den største og sterkeste håndverksgruppen. I senmiddelalderen lå verkstedsbodene deres på begge sider av det som i dag er Skostredet. På 1500-tallet ble torget flyttet fra Bryggen til Korskirkeallmenningen. Dybesund, sundet inn langs Korskirkeallmenning, ble fullstendig fylt igjen etter brannen i 1702. Da ble Torget flyttet helt frem til kaikanten, omtrent der det ligger i dag. Det var først da det ble opprettet den forbindelse over Torget mellom Bryggesiden og Strandsiden som vi har i dag. På 1800-tallet ble også Vågsbunnen byens sentrum for bank og finans med bygninger som Norges Banks bygning (1842) og børsbygningen (1859-62). Bergen sparebank og Kredittbanken etablerte seg også i Vågsbunnen på 1800-tallet.
Den største brannen var i 1702 da 7/8 deler av Bergen brant til grunnen. Dagens bebyggelse er, i likhet med Bryggen, i stor grad gjenreist i årene etter denne brannen. Bygningene i området er dermed like gamle som de eldste bygningene på Bryggen, noe som synliggjør områdets historiske betydning. Den bergenske tradisjonen med brannsikre steinkjellere over bakken gjorde at endel steinbygninger i Vågsbunnen helt eller delvis ble stående etter katastrofen i 1702. Vi kan vi nevne bevarte kjellere i Vågsbunnen fra 1600-tallet som Torget 13, Hollendergaten 2, Nedre Hamburgersmug 7b og Kong Oscarsgate 11. Vi har også et borgerhus i stein fra 1609, Smalgangen 1, som kan være det eldste murhuset i Bergen. Hollendergaten 12, også fra 1600-tallet, ble delvis gjenoppbygget etter brannen. Det finnes også en del underjordiske hvelvede steinkjellere som kan være meget gamle, som for eksempel Hollendergaten 10. Flere av kjellerne kan også være bygget før 1600-tallet. De gamle kjellerne ble brukt som fundamenter ved gjenoppbyggingen og de gamle eiendomsgrenser ble beholdt. Dette har ført til at de gamle ferdselsårene, bydelens gatenett og bebyggelsesstruktur fra middelalderen er bevart. Gater, gatebredder og funksjon (småhandel) kan også gjenkjennes fra Magnus Lagabøtes bylov av 1276. Vågsbunnen har derfor en tydelig kontinuitet tilbake til middelalderen, ikke minst ved at bydelens funksjoner, en kombinasjon av boliger og byvirksomhet, er intakte. I tillegg til steinkjellerne har også middelalderkirkene Domkirken og Korskirken overlevd flere av byens katastrofebranner.
I middelalderen ble det bygget fire kirker i bydelen: Hallvardskirken, St. Mikaelskirken, Korskirken og Domkirken (tidligere kalt St. Olavskirken). På 1100-tallet dannet Vågen en bukt helt inn til Domkirken. Ved Domkirken var bukten mudrete og dårlig, og her ble derfor anlagt kaier i siste halvdel av 1100-tallet. Arkeologiske utgravninger har vist rester etter kaier fra midten av 1100-tallet under Domkirkegaten 6. Domkirkegaten het på 1500-tallet Broen eller Stenbroen. Dette kommer av at Christoffer Valkendorf (høvedsmann på slottet 1556-1560), fikk laget en bro av steiner fra Allehelgenskirken som lå omtrent der Rådstuplass 5 står i dag. Korskirken lå på et framspringende nes. Korskirkeveiten og Hollendergatens gateløp følger i dag 1000-tallets strandlinje, noe man også leser i gateløpets uvanlige form. Hollendergaten har navn etter hollendere som på slutten av 1400-tallet fikk tillatelse til å drive handel her.
Man finner i dag en sammensatt bebyggelse i Vågsbunnen bestående av trehus fra 17-og 1800-tallet samt murgårder fra 18-1900-tallet. Av Vågsbunnens rundt 300 bygninger er omkring 80 % av tre, mesteparten oppført i laftet tømmer med kledning av trepanel, eller med murblending mot gaten. Først fra midten av 1800-tallet ble de store murgårdene innført som ny bygningstype. De eldste var en type "monumentalbygg", som skoler og banker. Etter hvert ble det og oppført leiegårder som "tårn" mellom de små trehusene. De store forretningsgårdene i mur satte et spesielt preg på arkitekturen langs Vågsallmenningen, og blir gjerne kalt Bergens "city arkitektur". Dagens Vågsbunnen har i stor grad beholdt sin karakteristiske bebyggelse gjennom de siste 300 årene.
Det foreligger en rekke planer og igangsatte opprustnings- og nybyggingsprosjekter i området, både i privat og offentlig regi. Østre Skostredet huser i dag Litteraturhuset og Lydgalleriet i nylig rehabiliterte bygninger. Kommunen har også igangsatt rehabilitering og oppussing av bydelens allmenninger og offentlige rom. Vågsbunnen betegnes som en "skjult perle", og en fremtidens bydel i Bergen sentrum, med store muligheter og utviklingspotensial.
Vågsbunnen - En bydel fra middelalderen i hjertet av Bergen
Mot midten av 1990-tallet gjennomførte Bergen kommune et grundig reguleringarbeid i Vågsbunnen for å sikre den bevaringsverdige bebyggelsen og bystrukturen fra Middelalderen. Reguleringsplanen trådte i kraft i 1994, kart og bestemmelser finner du her. Det ble utarbeidet en fagrapport for "Historie - gode råd - visjoner" med tittelen "Vågsbunnen - En bydel fra middelalderen i hjertet av Bergen" som presenterer planer og visjoner for området. Gjennom bygningshistorien og annen basiskunnskap pekes det på Vågsbunnens verdier og på det felles ansvar som påhviler alle eiere og brukere av denne gamle bydelen. Rapporten ble utgitt av Hordaland fylkeskommune, Kulturlandskaps-senteret i samarbeid med Bergen kommune, Kommunal-avdeling Byutvikling.